Micoteca del Instituto Nacional de Higiene “Rafael Rangel”: 60 años preservando la biodiversidad fúngica de interés médico / Fungal collection of the National Institute of Hygiene “Rafael Rangel”: 60 years preserving fungal biodiversity of medical interest in Venezuela

La Micoteca del Instituto Nacional de Higiene “Rafael Rangel” (INHRR) fue creada en el año 1955 y es la colección de hongos microscópicos autóctonos más grande y representativa del país. Cuenta con 2.500 cepas pertenecientes a 77 géneros y 165 especies de hongos y actinomicetos, de importancia médica, epidemiológica, industrial e histórica, preservados por duplicado bajo los métodos de agua por Castellani y aceite mineral. La colección tiene presencia a nivel internacional a través del catálogo y la página web del Centro Venezolano de Colecciones de Microorganismos (CVCM), que a su vez está afiliada a la Federación Mundial de Colecciones de Cultivos (WFCC). Además, a través de su membresía a la Federación Latinoamericana de Colecciones de Cultivos (FELACC), sus datos están disponibles en la página web de la Asociación Argentina de Microbiología (AAM). La conservación de hongos microscópicos es fundamental, debido a su importancia en el funcionamiento de los ecosistemas y a su impacto en la vida del hombre. Esta Micoteca garantiza la preservación ex situ de la biodiversidad fúngica. Sus características la consolidan como una unidad cónsona con las exigencias de los ámbitos científico, tecnológico y docente, para el desarrollo de investigaciones científicas, particularmente en el área de medicina.

The fungal collection (Mycothec) of the National Institute of Hygiene “Rafael Rangel” (INHRR) was created in 1,955 and is the largest and more representative collection of the country’s indigenous microscopic fungi. It has 2,500 strains belonging to 77 genera and 165 species of fungi and actinomycetes retaining medical, epidemiological, industrial and historical importance, preserved by duplicate under water by Castellani and mineral oil methods. The collection has international presence through the catalog and the website of the Venezuelan Center of Microorganism Collections (CVCM), which in turn belongs to the World Federation of Culture Collections (WFCC). In addition, through its membership to the Latin American Federation of Culture Collections (FELACC) the data are accessible on the website of the Argentinian Association of Microbiology (AAM). The conservation of microscopic fungi is essential, due to its importance in the ecosystems functioning and their impact on human life. This Mycothec guarantee the ex situ conservation of fungal biodiversity. Its characteristics consolidate it as a consonant unit with the requirements of scientific, technological, and educational areas for the development of scientific research, particularly in the ​​medicine area.

Identificación bioquímica y PCR especie-específica de cepas de Burkholderia cepacia de origen hospitalario y ambiental en Venezuela / Biochemical and specie-specific PCR identification of Burkholderia cepacia strains from hospital and environmental sources in Venezuela

Burkholderia cepacia es un bacilo gramnegativo no fermentador (BGNNF) reconocido como un patógeno oportunista para humanos y como agente causante de daño en cultivos vegetales. Su identificación es difícil y laboriosa confundiéndose a menudo con taxones relacionados. En este trabajo se examina, mediante técnicas bioquímicas y PCR especie-específica, una colección de 74 cepas de BGNNF de origen hospitalario y ambiental, con el objetivo de evaluar las condiciones para la identificación de rutina de B. cepacia en el medio hospitalario. El empleo de métodos comerciales automatizados, pruebas bioquímicas convencionales y una selección de pruebas complementarias permitió la identificación satisfactoria de 28 (37,8%) como B. cepacia, 15 (20,3%) S. maltophilia, 9 (12.2 %) A. xylosoxidans, 19 (25.6%) especies de Pseudomonas, 1 Ralstonia (1,4%) y 2 no identificadas. El empleo de PCR permitió confirmar la identificación del género Burkholderia y la caracterización de las especies o genomovares dentro del Complejo B. cepacia (CBc). La mayoría (12) pertenece al genomovar I (B. cepacia), 5 al II (B. multivorans); 3 al III (B. cenocepacia), 1 al IV (B. stabilis), y 7 al grupo V (B. vietnamiensis). El uso combinado de estas metodologías permitió la identificación precisa de miembros del CBc en muestras de origen hospitalario y ambiental.

Burkholderia cepacia is a non fermentative grannegative bacilli (NFGNB) known as an opportunists pathogen for human beings and associated with plant diseases. Its identification is a difficult task, being usually confused with related genera. In this work a collection of 74 NFGNB from environmental and hospital sources were examined by biochemical and PCR methods in order to evaluate the conditions for hospital identification of B. cepacia. The use of conventional biochemical methods, and a selection of complementary tests allowed a satisfactory identification of 28 (37,8%) as B. cepacia, 15 (20,3%) S. maltophilia, 9 (12.2 %) A. xylosoxidans, 19 (25,6%) other Pseudomonas, 1 Ralstonia (1,4%) and 2 non identified ((2.7%). By PCR B. cepacia identification was confirmed and the genomovars or species of the B. cepacia complex (BcC) were differenciated. The majority (12) belongs to the genomovar I (B. cepacia), 5 to II (B. multivorans), 3 to III (B. cenocepacia), 1 to IV (B. stabilis), and 7 to the B. vietnamiensis group. The use of biochemical and molecular methods allowed us the identification of BcC members from environmental and hospital sources.

Actividad antibiótico y antifúngica de B. cepacia provenientes de ambientes nosocomiales: Servicio Autónomo Hospital Universitario Antonio Patricio Alcalá Cumaná Venezuela / Antibiotic and antifungi activity of B. cepacia originating of nosocomial environmental: Independent Service Universitary Hospital

Burkholderia cepacia, es un bacilo Gram negativo, no fermentador, reconocido como causal de infecciones oportunistas; además de producir compuestos con actividad antimicrobiana. En el presente estudio se evaluó el antagonismo de nueve (9) aislados nosocomiales de B. cepacia contra hongos filamentosos, levaduras y bacterias de ambientes hospitalarios. La detección antibacteriana y antifúngica, se determinó según la técnica de la doble capa y de los cortes cilíndricos en agar, respectivamente. Cuatro aislados de B. cepacia (CVCM: 626,1328, 1331 y 1332) inhibieron los diferentes géneros bacterianos analizados. B. cepacia CVCM 1332, inhibió a cinco (5) de las seis (6) especies de bacterias indicadoras, con halos de inhibición entre 11 y 22 mm; a excepción de P. fluorescens. Tres (3) aislados de B. cepacia no presentaron actividad antibacteriana. Dos aislados de B. cepacia inhibieron los hongos estudiados (Fusarium solani, Penicillium citrinum, Penicillium frequentans, Aspergillus niger, Aspergillus ochoraceus, Penicillium echinulatum, Candida tropicalis, Candida famata). Las cepas CVCM 626, 1328 y 1331 presentaron tanto actividad antibacteriana como antifúngica. Se comprobó el antagonismo de aislados nosocomiales de B. cepacia contra bacterias y hongos de ambientes hospitalarios, representando un factor importante en la colonización de áreas críticas, facilitando la aparición de cuadros infecciosos en pacientes allí recluidos.

Uso de un sistema experto en ambiente web para facilitar la identificación de géneros de bacilos gramnegativos no fermentadores de la glucosa / Use of a web expert system to facilitate the identification of glucose non fermentative gram-negative bacillus

Resumen La identificación de bacilos gramnegativos no fermentadores de la glucosa (BGNNF) es una tarea compleja y laboriosa que exige la participación de expertos. Para facilitar la toma de decisiones se desarrolló y puso a prueba un Sistema Experto (SE) con una base de conocimientos construida aplicando el algoritmo C4.5 modificado, capaz de inducir un árbol de decisión (reglas primarias) para un conjunto de géneros, y la diferenciación entre éstos (reglas complementarias) para la identificación de géneros específicos. La incertidumbre del sistema es tratada mediante el esquema de factores de certeza. En este trabajo se sometió a prueba el SE con una selección de cultivos de BGNNF de diferente origen, identificados y preservados en el Centro Venezolano de Colecciones de Microorganismos (CVCM): géneros Achromobacter, Acinetobacter, Alcaligenes, Brevundimonas, Burkholderia, Chryseobacterium, Comamonas, Delftia, Moraxella, Myroides, Ochrobactrum, Oligella, Pseudomonas, Shewanella, Sphingobacterium y Stenotrophomonas. Mediante la aplicación de 11 pruebas (características primarias) se obtuvo una aproximación entre varios de los géneros posibles. Las pruebas complementarias sugeridas (entre 1 y 9), permitieron una mayor aproximación al género posible. Los resultados muestran una coincidencia del 95.8% con los reportados por el CVCM. En base a estos resultados se estudia la ampliación de la base conocimiento para la identificación de especies de BGNNF, y de otros grupos de bacterias.

Abstract The identification of glucose non fermentative gram-negative bacilli (NFGNB) is a complex and laborious task. In order to facilitate genera identification an Expert System (ES) was developed applying a modified C4.5 algorithm able to induce a decision tree (primary rules) for a set of genera, and the differentiation between these (complementary rules) for the identification of specific genera- The uncertainty of the system is treated by means of a certainty factors scheme. In this work the ES was put on approval using a selection of cultures of NFGNB of different origin, identified and preserved in the Venezuelan Center for Microbial Collections (CVCM): genera Achromobacter, Acinetobacter, Alcaligenes, Brevundimonas, Burkholderia, Chryseobacterium, Comamonas, Delftia, Moraxella, Myroides, Ochrobactrum, Oligella, Pseudomonas, Shewanella, Sphingobacterium y Stenotrophomonas. By means of the application of 11 tests (primary characteristics) an approach between several of possible genera was obtained, The suggested complementary testes (between 1 to 9) allowed great approach to the possible generas.-.The results show a coincidence of the 95.8% with the reported ones by the CVCM. An extent of the ES for the identification of other genera is under study.

Caracterización de plásmidos de resistencia a antibióticos en aislados nosocomiales del Hospital Universitario de Caracas / Characterization of antibiotic resistance plasmids from nosocomial isolates at the Caracas University Hospital

La presencia de plásmidos transmisibles confiere a las bacterias propiedades que complementan su capacidad para colonizar ambientes adversos, favorece el intercambio genético intracelular, y garantiza la diseminación horizontal de genes de resistencia a antibióticos, y de otras funciones, entre géneros distintos. En este trabajo se determinó, en aislados nosocomiales, la presencia de plásmidos auto-transmisibles y co-transferibles que exhiben complejos patrones de resistencia a antibióticos. El análisis del contenido plasmídico reveló la coexistencia de moléculas de diferentes tamaños. Entre las de mayor tamaño se establecieron cinco patrones de restricción diferentes, dos de los cuales se encontraron con alta frecuencia. Estos resultados sugieren que, entre los plásmidos identificados, un grupo bien definido es responsable de la diseminación de un amplio conjunto de genes de resistencia entre la muestra nosocomial estudiada. Plásmidos como los descritos permiten explicar el flujo de genes entre bacterias, y la adaptabilidad de las poblaciones para colonizar nuevos ambientes

Construction of a cassette for cloning and analysis of replicons / Construccion de un cassette para el clonamiento y analisis de replicones

The aim of this work was the construction of a cassette, i.e., a non-replicative molecule formed by linkage of an antibiotic resistance gene and a multiple cloning site. This cassette would allow the cloning and analysis of a wide range of replicons. The aac(6')-lc amikacin gene was isolated and ligated to the multiple clining site of the pUC18 vector. This construction was HindIII digested and cloned in the HindIII site of the vector. The resulting pHJ13 clone conferred to the recipient cells the ability to grow in presence of amikacin (cassette marker) and ampicillin (vector gene). By restriction analysis, the cassette orientation was established. Cassette versatility is provided by the presence of the unaltered multiple cloning site segment, and also because it allows sequencing of any replication origin inserted. Cassette funcionality was demonstrated by ligation to a replicative region of H plasmid pHH1457. Presence of the ori region from pHH1457 and the aac(6')-lc gene was confirmed in E. coli transformed clones. The incompatibility properties of the pHH1457 and its capability to replicate in a Poll defective strain were preserved in the pHJII14 construct. Currently, the amikacin cassette is being used in the characterization of H Complex plasmids.

El objetivo de este trabajo es la construcción de un cassette ­ molécula no replicativa ­ formada por un gen de resistencia a un antibiótico y una región de múltiple sitios de clonamiento. Este cassette permitirá el clonamiento y análisis de una amplia variedad de replicones. El gen que determina resistencia a amikacina (aac (6')-Ic) fue aislado y ligado a la región de múltiple sitios de clonamiento del vector pUC18. La construcción resultante fue digerida con Hind III y clonada en el sitio Hind III del vector. El clon pHJ13 resultante confirió a las células receptoras la capacidad de crecer en presencia de amikacina (marcador del cassette) y ampicilina (marcador del vector). Mediante análisis con enzimas de restricción se determinó la orientación del cassette. La versatilidad del cassette se sustenta en la presencia, sin modificaciones, de la región de múltiple sitios de clonamiento, que permitirá obtener la secuencia de nucleótidos de cualquier origen de replicación insertado. La funcionalidad del cassette fue demostrada mediante el ligamiento a una región de replicación del plásmido pHH1457 (Complejo H). La presencia de la región ori de pHH1457 y del gen aac (6')-Ic fue confirmada en clones de E. coli. Las propiedades de incompatibilidad del plásmido H y su capacidad para replicarse en una cepa defectiva en PolI se conservaron en el plásmido pHJII14 construido. El cassette de amikacina está siendo utilizado en la caracterización de plásmidos del Complejo H. P

El Centro Venezolano de Colecciones de Microorganismos (CVCM), Laboratorio Nacional de Servicio al Investigador / The Venezuelan Center for Culture Collections (CVCM), National Laboratory Investigator Service

Los microorganismos están presentes y ocupan todos los nichos ecológicos donde la vida es termodinámicamente posible. Son elementos clave en los ciclos de transformación de la materia, sirven como interfase biológica entre el ambiente físico o químico, y permiten el desarrollo de la vida de los organismos superiores. Las colecciones de cultivos de microorganismos son esenciales, y garantizan las condiciones para el estudio, preservación y manipulación racional de microorganismos que habitan el planeta. En este trabajo se revisan los antecedentes de la creación del Centro Venezolano de Colecciones de Microorganismos (CVCM), sus objetivos y funciones como Laboratorio Nacional de Servicio. Se evalúan los resultados alcanzados en las siguientes áreas de actividad: aislamiento, identificación automatizada, preservación, almacenamiento, manejo de la información y banco de datos, y la investigación científica asociada a cada uno de los procesos. Finalmente, se establecen las relaciones del CVCM con otras colecciones locales y regionales y con el sistema internacional de colecciones de microorganismos